Il y a quelque chose de particulièrement décourageant dans ce spectacle que beaucoup de jardiniers ont déjà vécu : vous semez avec soin dans vos plateaux alvéolés ou vos godets, vous attendez la levée avec impatience, et quelques jours après, vos plantules s’effondrent une à une au niveau du sol comme si elles avaient littéralement fondu sur place. C’est exactement ce que l’on appelle la fonte des semis. Bonne nouvelle : ce n’est pas une fatalité. En comprenant ce qui se passe vraiment dans vos contenants et en ajustant quelques habitudes, vous pouvez protéger efficacement vos semis d’intérieur, que vous soyez jardinier débutant ou que vous cultiviez votre potager depuis des années.
Comprendre la fonte des semis avant de toucher une graine
Ce qui se cache derrière ce nom
La fonte des semis n’est pas causée par un seul agent mais par tout un groupe de champignons microscopiques et de pseudo-champignons appelés oomycètes. Les noms qui reviennent le plus souvent dans les analyses sont Pythium, Phytophthora, Fusarium, Rhizoctonia, Botrytis et Sclerotinia. Ces organismes vivent sous forme de spores résistantes, parfois pendant plusieurs années, en attendant patiemment les conditions qui leur conviennent. Ces conditions, ce sont exactement celles que vous créez quand vous semez en intérieur sous une cloche ou un couvercle de germination : chaleur constante, humidité élevée, circulation d’air réduite. Parmi ces agents, Pythium se distingue par sa rapidité de propagation dès qu’il y a un excès d’eau dans le substrat ou en surface des alvéoles.
Ce qui rend la situation particulièrement délicate avec les semis en contenants, c’est que les alvéoles et les godets constituent des micro-espaces très confinés. La chaleur s’y accumule, l’humidité stagne facilement au fond des cellules si le drainage est insuffisant, et un foyer infectieux dans une alvéole peut contaminer rapidement les voisines par contact ou par les eaux de surface.
Pourquoi les jeunes plants sont si peu armés
Au moment de la germination et dans les jours qui suivent la levée, les tissus des plantules sont encore très tendres. La cuticule, cette fine couche protectrice qui recouvre normalement les cellules végétales, est à peine formée. Les champignons pathogènes n’ont donc aucune difficulté à s’introduire dans les tissus, que ce soit par les orifices naturels ou de simples micro-blessures invisibles à l’œil nu. Si l’attaque survient avant la levée, les graines pourrissent en silence dans l’alvéole et vous ne voyez jamais rien pointer. Si elle survient après la levée, le collet — cette zone de transition entre la tige et la racine — brunit, noircit, s’amollit, et la plantule s’affaisse sans pouvoir se redresser.
Les semis de fin d’hiver et du début du printemps réalisés en intérieur sont statistiquement les plus touchés. Les journées sont encore courtes, la lumière insuffisante, les températures de la pièce parfois irrégulières selon les pièces choisies pour les semis, et l’air intérieur peut être étonnamment humide : un contexte qui ralentit la croissance des plants tout en favorisant les agents pathogènes.
Bien préparer ses semis en alvéoles et en godets
Partir de graines saines
Tout commence avec la graine. Des semences bien conservées — dans un endroit frais, sec et à l’abri de la lumière — germent plus vite. Or, moins longtemps une jeune pousse reste au stade de germination, moins elle est exposée aux infections. Si vous avez des doutes sur l’état sanitaire de vos graines, un traitement thermique simple peut faire la différence : plongez-les dans une eau maintenue précisément à 50 °C pendant quelques minutes. Cette température suffit à éliminer les spores éventuellement présentes sur l’enveloppe de la graine sans abîmer sa faculté germinative. Un thermomètre de cuisine est tout à fait suffisant pour surveiller la température avec précision.
Une hygiène du matériel que l’on sous-estime souvent
C’est un geste que beaucoup négligent d’une saison à l’autre : nettoyer soigneusement plateaux alvéolés, godets et couvercles de germination avant chaque nouvelle campagne. Les spores responsables de la fonte des semis peuvent persister sur les parois plastiques de vos contenants pendant plusieurs saisons, logées dans les moindres recoins des alvéoles. Un brossage soigneux à l’eau tiède pour déloger les résidus de terreau sec est la première étape. Faites suivre d’un rinçage avec une solution d’eau de Javel diluée à 10 % ou du vinaigre blanc pur. Rincez ensuite abondamment à l’eau claire, puis laissez sécher en plein soleil ou près d’une fenêtre bien exposée : les rayons ultraviolets achèvent le travail d’assainissement sur les micro-organismes résiduels.
Pensez également au couvercle de germination, souvent oublié lors du nettoyage alors qu’il est au contact direct de l’atmosphère humide au-dessus des plants. Et lavez-vous les mains avant de manipuler du substrat ou de jeunes pousses — c’est un vecteur de contamination que l’on ne soupçonne pas toujours.
Choisir le bon substrat et préparer ses contenants
En alvéoles et en godets, le choix du substrat est encore plus décisif qu’en pleine terre, car le volume de sol disponible pour chaque plant est très réduit. La moindre erreur de drainage ou d’humidité se répercute immédiatement sur les racines. La terre de jardin et le compost maison sont donc à écarter sans hésitation pour ce type de semis : ces substrats hébergent une vie microbienne très dense incluant de nombreuses spores latentes qui s’activent rapidement dans les conditions confinées d’une germination en intérieur.
Optez pour un terreau certifié « spécial semis » : sa structure fine, légère et drainante est calibrée pour éviter les zones d’eau stagnante. Ce type de substrat est également pauvre en azote, ce qui est un avantage à ce stade puisqu’un excès de nutriments stimule davantage les filaments mycéliens que les tissus des plantules.
Pour améliorer encore la qualité du mélange, incorporez 20 à 30 % de perlite à votre terreau de semis. La perlite améliore de façon notable le drainage et l’aération au cœur de chaque alvéole, ce qui limite la stagnation d’humidité autour du collet. C’est une addition particulièrement utile pour les godets de plus grand volume où le substrat reste humide plus longtemps.
Le charbon de bois incorporé au substrat
Une technique préventive peu connue mais efficace à l’échelle du godet consiste à intégrer de la poudre de charbon de bois directement dans votre mélange de substrat. La dose préconisée est de 15 grammes de poudre fine par kilogramme de terreau. Le charbon de bois régule l’humidité superficielle grâce à sa capacité d’absorption et possède des propriétés fongicides reconnues. À l’échelle d’un plateau alvéolé standard de 40 alvéoles rempli d’environ 1,5 kilogramme de substrat, vous aurez donc besoin d’environ 22 grammes de poudre de charbon, soit une petite cuillère à soupe bien remplie. Mélangez-la uniformément au substrat avant de remplir vos alvéoles.
Utilisez exclusivement du charbon horticole ou du charbon récupéré dans une cheminée ou un poêle à bois, préalablement réduit en poudre fine au pilon ou à la râpe. Le charbon de barbecue est souvent traité chimiquement et n’a pas sa place dans un substrat de culture.
Les bons gestes au moment de semer
Respecter la profondeur de semis et ne pas tasser
Chaque espèce a ses propres exigences concernant la profondeur de semis, précisées sur les sachets de graines — ces indications sont à respecter. Une graine enfouie trop profondément dans une alvéole épuise ses réserves pour atteindre la lumière, prolongeant sa période de vulnérabilité dans le substrat. Certaines graines très fines, comme celles de bégonias ou de laitues, ont besoin de lumière pour germer et doivent être déposées pratiquement en surface.
Évitez de tasser le substrat après le semis : un substrat compacté dans une alvéole réduit l’aération, ralentit le drainage et maintient une humidité excessive exactement là où la graine est la plus fragile. Un léger tassement à plat avec le bout des doigts pour assurer le contact entre la graine et le substrat est suffisant.
En alvéoles, deposez en principe une seule graine par cellule pour les espèces à grosse graine comme les courgettes, les courges ou les haricots. Pour les espèces à petites graines comme les tomates ou les aubergines, deux graines par alvéole sont acceptables, à condition de supprimer la plantule la moins vigoureuse dès que la levée est confirmée.
Les espèces à surveiller de près
Toutes les plantes peuvent être touchées par la fonte des semis, mais certaines familles sont régulièrement plus touchées que d’autres. Au potager, les solanacées — tomates, aubergines, poivrons — et les cucurbitacées — courgettes, concombres, melons — figurent en tête des espèces sensibles. Les brassicacées comme les choux, les navets et les radis, les salades et les haricots sont également fréquemment touchés. Pour les fleurs semées en intérieur, les bégonias, lobélias, pétunias, dahlias et capucines méritent une vigilance particulière. Connaître la sensibilité de chaque espèce vous permet d’adapter votre niveau d’attention en conséquence.
Écoutez notre podcast sur la fonte des semis
L’entretien quotidien des semis en intérieur
Stabiliser la température dans la pièce et sous la cloche
Une fois la levée réussie, maintenir des conditions stables devient la priorité. La plupart des légumes du potager apprécient une température comprise entre 15 °C et 20 °C après germination. En dessous de 10 °C, les fonctions vitales des plantules ralentissent et les champignons reprennent l’avantage. Une chaleur excessive sous une cloche ou un couvercle de germination provoque condensation et humidité stagnante, tout aussi problématiques.
En pratique, dans un appartement ou une maison, positionner vos plateaux à proximité d’un radiateur peut être tentant pour la germination, mais cette chaleur sèche par le bas peut créer des écarts de température importants sous la cloche. Un placement sur un rebord de fenêtre bien exposé au sud, à l’abri des courants d’air, offre souvent de meilleures conditions après la levée.
Retirer la cloche au bon moment
Le couvercle de germination est utile pour maintenir la chaleur et l’humidité lors des premiers jours. Mais dès que la majorité des graines ont levé, il doit être retiré sans tarder. Continuer à maintenir un couvercle fermé au-dessus de plantules déjà levées, c’est créer un environnement saturé en humidité qui favorise directement les agents fongiques. Si vous souhaitez conserver une protection thermique quelques jours supplémentaires, relevez simplement le couvercle d’un centimètre ou deux pour permettre un renouvellement d’air continu.
Aérer l’espace de culture
En intérieur, la circulation d’air naturelle est souvent insuffisante autour des plateaux de semis. Un simple ventilateur de bureau réglé sur sa vitesse la plus basse, placé à une bonne distance des plateaux pour éviter tout courant d’air direct, peut faire une réelle différence. Quelques heures par jour suffisent à renouveler l’air autour des tiges, à assécher légèrement la surface des alvéoles et à priver les spores des conditions dont elles ont besoin.
Arroser avec précision à l’échelle du godet
C’est probablement le point le plus délicat à maîtriser quand on sème en alvéoles ou en godets en intérieur. Le volume de substrat est si réduit que l’excès d’eau n’a nulle part où aller. La vaporisation légère avec un pulvérisateur à main est la méthode la plus adaptée pour maintenir une humidité de surface sans saturer le substrat. Vous n’avez besoin que de quelques pulvérisations légères sur le dessus des alvéoles, juste assez pour que la surface du substrat soit légèrement humide au toucher.
Une technique qui donne de bons résultats, surtout après la levée complète, est l’arrosage par le bas : placez votre plateau alvéolé dans une soucoupe ou un bac peu profond contenant un centimètre d’eau, laissez le substrat absorber l’humidité par capillarité pendant vingt minutes, puis retirez le plateau et videz l’excès d’eau. Cette méthode évite de mouiller le collet des jeunes plants, qui reste ainsi dans une atmosphère plus sèche.
Comme pour les semis en pleine terre, il est utile de suspendre tout apport d’eau pendant deux à trois jours juste après la levée complète. Ce bref cycle de séchage contrôlé freine la progression des filaments mycéliens en surface sans pénaliser les racines qui explorent déjà le substrat en profondeur.
Renforcer les plants avec des traitements adaptés aux semis en contenants
L’infusion d’ail adaptée aux petits volumes
L’ail est bien documenté pour ses propriétés antifongiques et son utilisation sur des semis en godets ou en alvéoles est tout à fait pertinente, à condition d’adapter les quantités. Pour un usage domestique sur quelques plateaux de semis, préparez une infusion concentrée en faisant mijoter 100 grammes d’ail haché dans 1 litre d’eau pendant 20 minutes après ébullition. Laissez reposer sous couvercle pendant au moins 10 heures, puis filtrez soigneusement avec un tamis fin pour éviter d’obstruer le pulvérisateur. Diluez ensuite cette solution à hauteur de 10 % dans de l’eau claire — soit environ 100 ml de solution pour 900 ml d’eau — et pulvérisez légèrement sur le substrat de vos godets ou alvéoles. Cette concentration plus faible est suffisante pour un usage préventif sur de jeunes plants fragiles, sans risquer de brûler les tissus tendres.
La décoction de prêle en application raisonnée
La prêle des champs (Equisetum arvense) est riche en silice, un composé qui renforce la structure cellulaire des végétaux. Pour préparer une décoction adaptée à un usage sur semis en intérieur, faites tremper 10 grammes de prêle sèche dans 500 ml d’eau de pluie pendant 24 heures. Portez ensuite à ébullition pendant 20 minutes, laissez refroidir et filtrez. Pour une application sur des alvéoles ou des godets, diluez cette décoction à 20 % dans de l’eau claire — soit 100 ml de décoction pour 400 ml d’eau — et pulvérisez très légèrement sur la surface du substrat une fois par semaine à titre préventif. Vous pouvez également utiliser cette décoction pure pour faire tremper vos graines pendant quelques heures avant le semis.
Ces préparations naturelles ne remplacent pas les mesures préventives décrites plus haut. Elles viennent les compléter dans une démarche globale, et leur efficacité dépend avant tout de la régularité avec laquelle vous les intégrez à votre routine d’entretien.
Reconnaître les symptômes et réagir vite
Les signes à identifier sans attendre
La maladie se manifeste de deux façons selon le moment où l’infection intervient. Avant la levée, les graines pourrissent dans l’alvéole et rien ne pointe à la surface. Après la levée, le signe caractéristique est un amincissement progressif de la tige au niveau du collet, qui prend une teinte rouge, brune ou noire, se ramollit et finit par se nécroser. La plantule s’affaisse alors sur le substrat. En alvéoles, vérifiez systématiquement les plants voisins dès qu’une cellule est touchée : la propagation peut être rapide si les conditions d’humidité sont élevées.
Agir immédiatement sans hésiter
Il n’existe pas de traitement curatif contre la fonte des semis. Un plant dont le collet est atteint ne se récupère pas. Dès qu’un symptôme est identifié, retirez immédiatement la plantule touchée ainsi que le substrat de l’alvéole concernée. Si vous travaillez avec un plateau alvéolé, isolez-le des autres plateaux sains. Les déchets contaminés ne doivent pas être compostés, car les spores survivent et risquent de contaminer vos futures cultures. Le plateau ou les godets ayant accueilli des plants malades doivent être désinfectés rigoureusement — selon le protocole décrit en début d’article — avant toute nouvelle utilisation.
Penser à la suite : repiquer au bon moment
La fonte des semis guette non seulement pendant la phase de germination mais aussi lors du repiquage. Quand vous transplantez vos jeunes plants depuis les alvéoles vers des godets de plus grand volume, ou depuis les godets vers la pleine terre, les racines subissent un stress qui les rend temporairement plus vulnérables. Quelques précautions simples permettent de passer ce cap sans problème : manipulez les plants en tenant le substrat plutôt que la tige, évitez de repiquer dans un sol détrempé, et veillez à ce que le collet des plants reste légèrement au-dessus de la surface du sol après le repiquage — jamais enterré, au risque d’y voir stagner l’humidité.
Si la fonte des semis s’est déclarée lors d’une saison dans vos contenants, désinfectez l’ensemble du matériel de façon approfondie avant la prochaine campagne et renouvelez intégralement le substrat. Conserver du terreau d’une saison à l’autre dans des plateaux ayant accueilli des plants malades, c’est prendre le risque de recommencer l’expérience dès les premières chaleurs.
La fonte des semis se prévient bien plus qu’elle ne se guérit. Avec du matériel propre, un substrat adapté enrichi en perlite et en charbon de bois, un arrosage mesuré par le bas et un renouvellement d’air quotidien, vos semis en alvéoles et en godets ont toutes les chances de traverser ce cap délicat avec succès.
